Laureatosi in Medicina e Chirurgia presso l’ Università degli Studi di Pavia, poco dopo l’inizio della Scuola di Specializzazione in Chirurgia Generale indirizzo Oncologico sotto la direzione del Professor Renzo Dionigi dell’ Università degli Studi dell’Insubria a Varese, si è recato alla fine degli anni 90, presso il Department of Surgery dell’ Università di Dundee (Scozia, UK) dove ha lavorato per circa 3 anni con il Professor Sir Alfred Cuschieri, pioniere nel campo della chirurgia mini-invasiva e delle nuove tecnologia applicate alla chirurgica generale ed oncologica.

Ritornato a Varese e terminata la scuola di specializzazione, all’inizio degli anni 2000 ha intrapreso la carriera universitaria prima come ricercatore e poi come Professore Associato in Chirurgia. Dopo qualche hanno, il Prof Boni ha fondato e diretto il Centro Ricerche in Chirurgia Mini-Invasiva dell'Università dell’ Insubria.

La chirurgia laparoscopica è sempre stato il suo interesse principale sia clinico che di ricerca e ha portato il Professor Boni ad essere chiamato in diverse parti del mondo per eseguire interventi chirurgici “in diretta”, letture e corsi specifici durante congressi nazionali ed internazionali e presso prestigiosi istituti tra i quali si possono ricordare, la Cleveland Clinic Florida, Imperial College -  St Mary Hospital di Londra, National Cancer Institute di Hanoi, Vietnam, e molti altri ancora.

Durante il periodo a Varese, ha avuto la possibilità di testare tecnologie innovative, a volte mai impiegate prima al mondo come la tecnologia a fluorescenza, 4k, single port, percutanea, TaTME (transanal TME per i tumori del retto basso) ect ect.

E’ co-autore di più di 200 articoli pubblicati su riviste indicizzate ed in lingua inglese, di numerosi capitoli di libro di testo e monografie.

Il professor Boni e il suo gruppo ha ottenuto vari riconoscimenti tra i quali il premio con miglio video laparoscopico al Congresso Mondiale di Chirurgia Endoscopica svoltosi a Parigi, Honorary membership alla Società Britannica di Chirurgia Mini-invasiva etc etc.

Il Professor Boni ha svolto come primo operatore più di 3000 interventi di chirurgia mini-invasiva la maggior parte dei quali per patologia oncologica.

Nel suo ruolo accademico ha posto sempre massima attenzione all’insegnamento ai giovani chirurghi sviluppando l’unico progetto di Fellowship in Chirurgia Laparoscopica presente attualmente in Italia e coordino un Progetto Europeo (Euro-LapCO) per l’insegnamento della chirurgia laparoscopica del colon-retto

Dal 1 aprile 2017 Dirige l’Unità Operativa di Chirurgia Generale della Fondazione IRCCS Ca’ Granda, Ospedale Maggiore Policlinico nel centro di Milano ed è risultato vincitore del Concorso per Professore Ordinario di Chirurgia presso l’Università degli Studi di Milano